Receptor-Ligand Interactions
Terminology
receptor: 생물학적 시스템에 통합될 수 있는 신호를 수신하고 변환하는protein으로 구성된 물질ligand: 생물학적 목적을 수행하기 위해 특정 molecule과complex를 형성하는 물질
Interactions
ligand는 일반적으로 target protein의 특정 site에 결합하며 결합은 ionic bonds, hydrogen bonds 및 Van der Waals forces와 같은 non-covalent binding에 의해 유지되며, solvent effects에 영향을 받습니다. 결합은 일반적으로 target protein의 conformational isomerism(conformation)의 변화를 초래합니다. protein의 conformation은 해당 protein의 function을 의미할 수 있으므로 따라서 conformation의 변화는 function의 변화를 의미할 수 있습니다. 관련된 ion channel또는 enzyme 등의 변경된 행동을 초래하는 경우 생리학적으로 중요합니다.
이러한 상호작용을 이용하여, target receptor의 역할을 저해하거나 촉진시키는 ligand를 찾아 원하는 생리 반응을 이끌어내는 약을 만들 수 있습니다. 약효는 binding affinity와 ligand efficacy 등 모두의 복잡한 상호작용의 결과이므로, 약효가 있는 물질을 한 번에 찾기 어렵습니다.
Docking
DTI(Drug-target interaction)
MMGBSA(Molecular Mechanics Generalized Born Surface Area) binding affinity(kcal/mol 단위)를 추정할 때 사용되는 계산 방법
MMPBSA(Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area) binding free energy를 추정할 때 사용되는 계산 방법
PLIP(Protein-Ligand Interaction Profiler)
privileged scaffold는 알려진 약물이나 생물학적 활성 화합물의 특정 배열 사이에서 통계적으로 반복되는 분자 구조 또는 화학적 moiety인데, 이러한 요소는 새로운 활성 생물학적 화합물 또는 화합물 라이브러리를 설계하기 위한 기초로 사용할 수 있습니다.